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开了他们。
长大后的三人以弥彦为首创立了晓。立志不靠极端武力来创造世界和平，之后有许多人加入了这个组织，晓逐渐壮大并声名鹊起。远在木叶的自来也还偶尔听到他们在几次战斗的事迹。中途宇智波带土（此时身份为宇智波斑）曾经找过长门，并试图拉拢长门等人，但被长门弥彦拒绝。
当时的雨隐之村的首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕他们势力的扩大会威胁到自己的统治地位，所以半藏欺骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案（因为雨隐之村处在三大国的交接处，战略地位非常重要，而且当时第三次忍界大战愈演愈烈），弥彦答应了他的请求。但是他们到了会谈的地点，才发现这是个圈套，半藏勾结团藏，在会谈地点埋伏，参与抹杀他们三个的还有木叶的暗部。
半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。在不知如何抉择之时，弥彦撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部歼灭的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，双腿中了半藏的火遁·起爆炎阵。眼见遭受欺骗，挚友又死于眼前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。之后木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩因，用来统率晓组织。
后来，半藏被长门操纵下的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。
宇智波斑死后，宇智波带土（面具男“阿飞”）遵照宇智波斑的吩咐和绝找到三人，自称“斑”，用轮回眼的空子试图拉拢长门，但被时任晓组织首领的弥彦阻止。弥彦死后，长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向安定与和平。晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由s级以上叛忍组成的秘密组织。
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，故一场师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了佩恩三道。但因之后不了解佩恩六道的相关情报，所以最终被佩恩六道打败而亡。但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为尸体傀儡，受长门操控）。
佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。期间与卡卡西交战，并杀死了卡卡西，在用人间道得知了鸣人在妙木山后，控制天道腾飞到木叶上空，然后用畜生道将人间道、修罗道、地狱道、饿鬼道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用了神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也的写的第一本书《毅力忍传》。
《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾年少时期的梦想，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在木叶一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人，期待鸣人能够完成《鸣人物语》，力竭而亡。
第四次忍界大战时期，长门被药师兜用秽土转生之术召唤出来，并与宇智波鼬一起行动。兜控制与鸣人和奇拉比战斗。失去意识的长门，缺乏自主机动性。在用饿鬼道吸收了奇拉比的八尾查克拉后身体恢复了原来年轻状态，但由于腿上的伤，依然无法自如行动，兜便以通灵兽的轮回共享视野弥补这一缺点，相继擒获鸣人与奇拉比，两人危在旦夕。但最终却因中了别天神而脱离兜控制、隐蔽起来的宇智波鼬从死角射出苦无破坏掉了视野共享而失手。之后长门使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱点并引导鸣人与奇拉比一起合力使用最强远程攻击忍术破解了地爆天星，随即长门被宇智波鼬的十拳剑所封印。
在临走之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分肯定了师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；对自己的第二部作品给予了差强人意的拙作的评价；并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，长门带着希望，微笑离开。
佩恩六道的6具身体：天道、人间道、修罗道、畜生道、饿鬼道、地狱道，六人称之为“佩恩”。
佩恩六道是由六具死者的尸体所改造成的傀儡忍者，每个佩恩的脸上和身体都插着能连接信号、传导查克拉的查克拉接收器，加上六个佩恩能共享视线，即使敌人绕到其中一个佩恩的背后，另一个佩恩也会监视着敌人，后者佩恩所看到的一切也是前者佩恩所看到的一切，而且每个佩恩都拥有轮回眼的一种能力，其本体长门的查克拉量极大，可以控制着六个尸体来战斗。这些都成为佩恩无敌的原因。
佩恩六道的身体：自来也推导出的一个答案，自来也推测的佩恩六道的前身，以曾经的弟子弥彦为开始，都是他曾经接触过的忍者。
佩恩六道的武器：佩恩六道所共有的查克拉黑棒，佩恩可以通过注入自身的查克拉，起到混乱被贯穿之人的查克拉。
对于小南和长门，宇智波千月在一旁压阵，交给自来也处理，让鸣人去说服他们。
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<!--作者有话说editorbyjack2014-09-19-->
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