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之后是走访当地群众，以秀才平日的言行，好话自然没有，加上这位兄弟又有前科，还进过号子，于是锦衣卫最后定案：有罪。
案子虽然定了，但事情还没了结，因为明朝的司法制度十分严格，处决人犯必须经过司法审讯，即便判了死罪，还得由皇帝亲自进行死刑复核，这才能把人拉出去咔嚓一刀。
所以万历下令，鉴于案情重大，将此案送交三法司会审。之前提过，三法司，即是明朝的三大司法机关：大理寺、都察院、刑部，大致相当于今天的司法部、监察部、最高人民法院等若干部门。三法司会审，是明代最高档次的审判，也是最为公平的审判，倒不是三法司这帮人有啥觉悟，只是因为参与部门多，把每个人都搞定，比较难而已。例如当年的严世蕃，人缘广，关系硬，都察院、大理寺都有人，偏偏刑部的几个领导是徐阶的人，最后还是没躲过去。
相比而言，像秀才这种要钱没钱、要权没权的人，死前能捞个三司会审，也就不错了，结案只是时间问题。
可是这起案件，远没有想象中那么简单。
一到三法司，秀才就不认账了。虽说之前他曾招供，说自己是仇恨郑国泰，故意写妖书报复，但那是在锦衣卫审讯时的口供，锦衣卫是没有善男信女的，也不搞什么批评教育、政策攻心，除了打就是打，口供是怎么来的，大家心里都有数。现在进了三法司，看见来了文明人，不打了，自然就翻了案。
更麻烦的是，沈一贯和朱赓也不认。这二位明显是被妖书案整惨了，心有不甘，想借机会给沈鲤点儿苦头吃，上疏皇帝，说证词空泛，不可轻信，看那意思，非要搞出个一二三才甘心。所以在审讯前，他们找到了萧大亨，准备做手脚。
萧大亨，时任刑部尚书，是沈一贯的亲信，接到指令后心领神会，在审讯时故意诱供，让秀才说出幕后主使。
可是秀才还真够意思，问来问去就一句话：“无人主使！”
萧大亨没办法，毕竟是三法司会审，搞得太明显也不好，就给具体负责审案的下属、刑部主事王述古写了张条子，还亲自塞进了他的袖口，字条大意是，把这件事情往郭正域、沈鲤身上推。
没想到王述古接到条子，看后却大声反问领导：“案情不出自犯人口里，却要出自袖中吗？！”萧大亨狼狈不堪，再也不敢掺和这事。沈鲤这边也没闲着，他知道沈一贯要闹事，早有防备：你有刑部帮忙，我有都察院撑腰。一声令下，都察院的御史们随即开动，四下活动，灭火降温，准备冷处理此事。
其中一位御史实在过于激动，竟然在审案时，众目睽睽之下，对秀才大声疾呼：
“别牵连那么多人了，你就认了吧。”审案审到这个份儿上，大家都是哭笑不得，要结案，结不了，不结案，又没个交代，皇帝、太子、贵妃、内阁，谁都不能得罪，万一哪天秀才吃错了药，再把审案的诸位领导扯进去，那真是哭都没眼泪。
三法司的人急得不行，可急也没用，于是有些不地道的人就开始拿案件开涮。比如有位审案御史，有一天突然神秘地对同事说，他已经确定，此案一定是秀才干的。
大家十分兴奋，认定他有内部消息，纷纷追问他是怎么知道的。御史答：“昨天晚上我做梦，观音菩萨告诉我，这事就是他干的。”当即笑倒一片。
没办法，就只能慢慢磨，开审休审，休审开审，周而复始，终于有一天，事情解决了。
生光也受不了了，天天审问，天天用刑，天天折腾，还不如死了好，所以他招供了：
“是我干的，你们拿我去结案吧。”世界清净了。
万历三十二年（1604）四月，生光被押赴刑场，凌迟处死。妖书案就此结束，虽说闹得天翻地覆，疑点重重，但有一点是肯定的，那就是：生光很冤枉。
因为别的且不谈，单说妖书上列出的那些官员，就秀才这点儿见识，别说认识，名字都记不全。找这么个人当替死鬼，手真狠，心真黑。
妖书何人所写，目的何在，没人知道，似乎也没人想知道。因为有些时候，真相其实一点儿也不重要。
妖书案是结了，可轰轰烈烈的斗争又开始了。沈一贯被这案子整得半死不活，气得不行，铆足了劲儿要收拾沈鲤，挖坑、上告、弹劾轮番上阵。可沈鲤同志很是强悍，怎么搞都没倒。反倒是沈一贯，由于闹得太过，加上树大招风，竟然成为了言官们的新目标。骂他的人越来越多，后来竟然成了时尚（弹劾日众）。
沈一贯眼看形势不妙，只好回家躲起来，想要避避风头。没想到这风越刮越大，三年之间，弹劾他的奏疏堆起来足有一人高，于是他再也顶不住了。
万历三十四年（1606），沈一贯请求辞职，得到批准。有意思的是，这位仁兄走之前，竟然还提了一个要求：我走，沈鲤也要走。
恨人恨到这个份儿上，也不容易。而更有意思的是，万历竟然答应了。
这是一个不寻常的举动，因为沈鲤很有能力，又是他的亲信，而沈一贯虽说人滑了点儿，办事还算能干，平时朝廷的事全靠这两人办，万历竟然让他们全都走人，动机就一个字——烦。
自打登基以来，万历就没过几天清净日子，先被张居正压着，连大气都不敢出；等张居正一死，言官解放，吵架的来了，天天闹腾。到生了儿子，又开始争国本，堂堂皇帝，竟然被迫就范。
现在太子也立了，某些人还不休息，跟着搞什么妖书案，打算浑水摸鱼，手下这两人还借机斗来斗去，时不时还以辞职相威胁，太过可恶。
既然如此，你们就都滚吧，有多远滚多远，让老子清净点儿！
沈一贯和沈鲤走了，内阁只剩下了朱赓。这一年，朱赓七十二岁。
朱赓很可怜，他不但年纪大，而且老实，老实到他上任三天，就有言官上疏骂他。首辅大人心态很好，统统不理。