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负责任的，疾病非但没能隐瞒，相反在周围地区大规模流行了起来。不但对疾病抵抗力弱的瓜拉尼人大量患病并死去，定居在他们附近的东岸居民内也有很多人患病——这是因为一些患病的瓜拉尼人逃离了村子，然后将疾病带到外地，不然以东岸乡间的人口密度，任何一种传染病都不是那么容易能够流行起来的。
事情闹大以后，北鸭子湖地区行政公署派出巡警火速封锁各条道路，拦截一切可疑分子并就地隔离。同时，陆军部下令隔壁的西湖县民兵大队抽调两个中队前往病情最严重的煤河乡，对确定患病的以及疑似患病的村落都进行了封锁。其中，东岸人自己的村落由医生全面进驻排查情况，瓜拉尼村落则被立刻封锁，若有不从者立刻射杀。
鸭子湖流域三个县的医生大部被调集到了煤河乡，他们穿戴着严格消毒的医用罩袍，前往几乎已整体死绝的瓜拉尼村落，收殓病死者尸体并进行解剖，以确定他们的死因。与此同时，另外一支队伍也被派往村外，去寻找瓜拉尼人处理掉的患病者尸体。没掩埋的立刻掩埋，草草挖好的坟茔也被进行了加固，最后还由专人进行了统一的消毒。
在经历此事后，东岸卫生部门更是对城乡居民加大了常见传染病的科普力度。比如可怕的霍乱病，以前就曾被人当做普通的肠胃病或急腹症，这往往会引起极大的灾难。等到病情被确诊时，事情往往已经不可收拾了，因此，适当的科普以及医疗应急措施，是对付此类恶性流行病的唯一办法。小小的东岸积攒人口不易，要是每个月都来这么几场大规模流行病的话，那么这个国家啥也不用干了，整天咬牙切齿地去和疾病折腾吧。
此次事件还有一个意外的副作用。那就是东岸居民对瓜拉尼人的容忍度大幅降低，他们开始排斥瓜拉尼人进入东岸共和国的领地内定居或寻找工作机会，基层的东岸民兵、巡警甚至普通村民都对瓜拉尼人横眉冷眼，进行言语侮辱或者人身攻击，而政府往往对此视而不见。虽然这些瓜拉尼人也是传染病的受害者，那些患病的瓜拉尼村落甚至全村全村地病死，但失去亲人的东岸居民可不会换位思考，他们只需要知道这些瓜拉尼人是“不详”的，给自己带来了灾难，因此需要驱逐他们。瓜拉尼人的处境，仿佛在一夜之间就大幅度恶化了！
六月初，地区行署卫生局的工作人员在走遍大荒农场、灌木农场后，发现此次猩红热没在其他地方爆发，这让大家松了一口气。现在这两座农场内的人口越来越多，其中老人和小孩的数量也增加地很快。麻疹、天花、猩红热和白喉之类反复在东岸发作的流行病虽然对成年人来说不是什么特别大的麻烦，但一旦在体弱的儿童中大肆流行，很显然会导致东岸新生儿的大量夭折。近些年来，东岸共和国各县乡的婴幼儿夭折率居高不下，未尝没有这些反复发作、折磨地东岸人欲仙欲死的疾病的一份“功劳”。
在这些可怕的疾病中，除了天花可以依靠牛痘等稍稍抑制（效果其实也不太显著）一下以外，其余疾病往往令人束手无策，东岸每年有大量的新生儿无法摆脱各类疾病的折磨而死去。尤其是那些人口相对较多、污染程度相对更严重、人口流动相对更频繁的老定居点，疾病发病率相当高，婴幼儿大批死亡。
而每当出现发病症状的时候，巡警们往往如临大敌，将发病人及其家属严格限制在自己的房屋内，以尽量减少传染的可能。当然以上也就是他们所能做的极限了，东岸政府对疾病、病菌的研究还很肤浅——他们甚至连一台高倍率的医用显微镜都没有，各种针对性药物的研发也进展缓慢，这些都是导致疾病多发且致死率偏高的原因所在。
好在东岸还是地广人稀的新大陆地区呢，若是在人烟稠密的旧大陆，一次大规模流行病往往就能让一个城市元气大伤。在这个年代的记录中，死亡人数在几万乃至十几万的地区流行病（传播范围极小，但死亡率很高）比比皆是，东岸每次爆发流行病只有区区几十最多数百的死亡人数，已经充分说明政府运转高效，措施应对得力了。
1649年6月20日，西岭地区行署解除了隔离令，宣告此次猩红热未及大规模爆发便被扑灭于萌芽状态。与此同时，西大荒地区广泛播种的“先锋1649”大豆也获得了大丰收，上到农场经营者、下至普通农业雇工们，全都喜气洋洋。