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陈越告诉他们，平南军和其他明军不同，想要在平南军任职，就必须先适应平南军的各种条例。陈越许诺他们，等他们适应了平南军之后，依然会在新整编的军队中任职，至于官的大小要看他们的能力，以及是否立下战功，当然他们从前的官职也会被参考。
当然，不肯从小兵做起也行，也可以离开军队，拿着银子走人。对怀有野心很难驾驭的人，陈越不愿迁就他们。
出乎陈越意料的是，大多数军官都选择留了下来，哪怕现在只是当个小兵。这让陈越很是不解。
其实也没什么不能理解的，因为对这些军官来说，拿钱离开后他们将会一无所有，失去了军队想活下去都难。而留在军中，好歹还有重新当官希望，而且这希望非常之大，因为整编过后的降军肯定需要大量的军官，而以陈越被崇祯信任的程度和崛起的势头，以后的军队肯定会越来越多，跟着陈越，他们的前途还是很光明。
不过再想像以前那样把军队看作自己的私产，侵吞军饷欺压士卒的事情就不能再想。
离开则一无所有，留下来还有希望，这选择不难做。
把降军中所有军官掌控在手里，接下来就可以放心大胆的整编降军了。陈越下令，从降军中挑出两千面相老实者编入军队，补充各部损失。把步兵又恢复了左右两营，分别由李奕金鑫任指挥，其中李奕营基本是原来的西山军老营，共一千五百人，以保证战斗力。金鑫营则有五百老兵一千降兵。
剩下的一千降兵一半补充入吕泰的水营，在运河里的战斗中，他的水营损失很大，两千士兵损失将近一半。另一半降兵则补入了金声桓的团练营，现在团练营的规模达到了一千五百余人。
剩下的降兵还有一万，命令杨正平为新编军总兵，带领五百平南军老兵负责对这些降兵进行编制训练。等训练数月改造好后，会对这些降军重新编制，那时也是平南军急剧扩张之时。
杨正平带着一万降军去了淮安，在那里进行整训，这些未经整编的降军，陈越不愿也不敢带他们直接上战场，索性打发回淮安。崇祯下旨，命令淮安知府徐庸全力配合杨正平，一应军饷粮草暂时由淮安府拨付。
淮安是重镇大邑，又是盐粮集散之地，其富庶不下扬州，养一万军队应该没有问题。为了整编的顺利进行，陈越又私下里交给杨正平二十万两银子，只这些银子就够军队半年所用。西山军历年的积攒，一路经海上陆运的辛苦，好不容易带到南方的五十多万两银子，现在终于派上了用场。
现在，军中的兵力有两营步兵三千人，一营骑兵一千二百，金声桓的团练营和吕泰的水营各一千五，再加上由副将王燮带领的淮扬巡抚的标营一千五百余人，以及陈平带领的教导营，总兵力九千多人不到一万，这就是用来攻打黄得功，夺取南京的全部兵力。
尽管兵力远少于敌人，可是一场胜利之后，全军士气高涨，根本没有把前面的敌人放在眼中。