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孙元化对汤若望还是心存感激的，在自己身陷囹圄之时还冒险进到监狱中为自己做告解，这是十分难得的。听到汤若望要来心中非常激动，和张楚一起参观完火炮工厂就一心等着汤若望的到来。
汤若望走得比张楚等人还慢，因为他要等和他有同样信仰的外国同行的到来，张楚从狱中偷走了孙元化，汤若望等人感到大祸要临头了，勾结贼人放走钦犯这个罪名可不小，不但汤若望会受到皇帝的惩处，连其他的外国人都有可能受到株连，所有汤若望选择了听从张楚的活逃往山西，在北京城外等了几日之后，有几个接到汤若望信件的外国人带着他们的坛坛罐罐赶了过来。
这些外国人都是从自己的国家出发为了传播信仰来到世界各地，他们随身带着各种物品书籍，甚至一些科学仪器，来中国的许多人就是以传播科学知识打开突破口，而结识了社会上的一些有识之士的，所以他们随身的物品是说什么也不肯抛弃的。这些东西拖慢了他们的行程，比张楚晚了几天才到达了中阳。
负责护卫的士兵在安顿好汤若望的同伴后就带着他来见张楚和孙元化。
汤若望看到孙元化心情复杂，对于老朋友安全脱险自然是感到高兴，但自己好不容易结识了大明朝的上层，在北京开始了自己的事业，现在却由于孙元化的事受牵连不得不跑到这完全陌生的山西，一切又要重新开始。
“我终于等到你了，张兄弟这里有许多新奇的知识，还建了中科院让我们两人负责，我们可以一起进行研究工作了。”孙元化可没管汤若望心中怎么想，这两天张楚给了他一套中阳初中学校的教材，孙元化被里边的知识惊呆了，自己日夜研读然后追着张楚问问题，整个人都处在对科学的狂热之中，恨不得中科院迅速开张，好对那些理论进行验证。
“孙先生怎么来到山西的，不是说贵公子将你救出来的吗？”汤若望看着现在的形势，怎么都感觉到有一种阴谋的味道。
“我们没有别的地方可去，只好暂时到这里来了。”事前张楚告诉孙元化不要对别人说是他将孙元化救出来了，孙元化以为张楚还想在大明的官场上混，不想因此得罪皇帝，所以也就不提张楚救他的事了。
“您到山西有许多事情可以做，不但可以和孙先生一起研究科学知识，还可以做许多有益的事。对此我都可以提供帮助。＂张楚知道这些人能够背井离乡，是怀着拯救人类的理想的。
汤若望现在是无处可去，只好暂时留在了中阳。对于这样的人才张楚不会让他浪费，很快一大群年青人来到了中科院，围在孙元化和汤若望的周围，开始了研究和学习生活，两人很快就忙不过来了，汤若望的外国朋友也被找来为这些有着强烈求知欲的年青人上课。张楚要做的只剩下改善他们的生活条件，增加实验设备。一句话就是不断的投钱进去，至于什么时候能得到回报那就要看老天的意思了。
张楚并不心痛钱，他知道这些理念上的研究最终都会转化成生产力，他现在最为关心的是不要让这些知识泄露出去。为此他和郭西园一起研究制定了保密条例，派人加强了中科院和各地工厂的保卫，要求孙元化和汤若望的身份绝对不能泄露出去，中科院所有的研究成果都列为绝密进行保护。孙元化和汤若望等人对中科院内部的人都使用了假名字，除了张楚没有人知道他们的来历。
当孙元化在山西隐姓埋名之时，京师朝中发生了大事情，当朝首辅周延儒在与阁臣温体仁的权力斗争中失败，失去了皇帝的信任，首辅当不下去，托病辞官回乡了。这事与孙元化有关，却也不是完全因为他。
张楚将孙元化从镇抚司的监狱中偷了出来，并换上了一具与孙元化样貌相似的尸体。那尸体也仅仅是相似而已。张楚等人走后狱卒发现孙元化又如往常一样在那里大睡不起，也就没有人在意他，直到第二天连饭都没起来吃才感觉异常，进去看时发现早已没了气息。狱卒当时就看出这不是孙元化，但他不敢声张，收了钱放人进来看望孙元化，孙元化跑了这大家都脱不了干系。没办法只能报孙元化在狱中死亡，信息一层层报了上去。这其中有人来看过尸体却也不敢改变最初的结论。大家都假装看不出，而等着天塌下来，有几个狱卒在这期间收拾东西偷偷跑路了。最后天没有塌下来，因为朝中的大臣正在忙着为周延儒和温体仁的党争选边站队，在押他们两个谁会取得最后的胜利。孙元化死了就死了没有人关心。只有崇祯皇帝接报后怒气更加重了一层，山东叛乱还没有平定，罪魁祸首却死了使他的怒气没处发泄。
这时孙元化一个脑袋不开窍的学生给了周延儒致命一击，在党争中温体仁举报周延儒收受孙元化的贿赂，本来孙元化一死，死无对证对周延儒是有利的。这里孙元化的一个学生认为为人要坚持实事求是，要说真话出来作证，说孙元化确实给周延儒送过礼物。他说的是事实，孙元化给周延儒送礼的事确实存在，在当时下级给上级送礼已成了惯例。可他这时站出来却恶化了周延儒在皇帝心中的印象。周延儒见皇帝对他的态度不对，被逼无奈只能辞去首辅之职托病还乡了，温体仁如愿当上了首辅，朝中格局大变。由于大臣们在党争中的恶劣表现，使得崇祯皇帝对朝臣越来越不信任。环顾左右似乎只有这些日夜和自己在一起的太监们才对自己最忠心，才值得信任。
与皇帝最为亲近的太监曹化淳被叫到了皇帝的跟前，皇帝要问一问重新派太监当监军，招抚流贼的事怎么样了。看一看这太监是否有能力办事。
曹化淳听了皇帝的询问信心满满的对皇帝说道：“前去招抚的太监王承恩不负圣恩已经招抚了流贼，不日就可带领队伍前往山东平叛。”(未完待续。)