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; 之后，到了西汉末年，由于西方教演变而来的佛教兴起并向东方扩张，女娲代表的上古参与妖神和现在三界的妖族力量兴起，与道门离心的昊天上帝的天庭受到极大的挑战。
于是在公元前后，王莽篡汉的时候，发生了孙悟空大闹天宫之事，让昊天上帝的权威受到极大的挑战。
之后，光武帝又复兴了汉朝。此时在华夏，佛教和道教斗争越来越激烈，遍及三界。昊天上帝由于站在儒教也就是人间王朝这边，越来越不受道教待见。
到了东汉末年，道教中的一个支派太平道公然喊出“苍天已死，黄天当立”的口号。
于是，昊天上帝觉得因为自己没有实力，这个三界共主当得实在没有意思，加上预感到将来的乱局，于是就半是自愿半是被迫地下凡历劫，在三界十方万界（即各种小千世界）中不断轮回转世。
以积累功德、修炼法力、磨砺心性、增长经验。经过凡间魏晋南北朝、隋唐五代宋元一千多年时间，十方万界共计上百亿年的时间，到了明朝，昊天上帝才在名叫张百忍那一世修成大罗金仙，凭自己的实力当上天庭玉帝。
此时，道教重建天庭，将两千多年前封神之战的格局构架、理想真正实现，而且道教内部三清门下三教合一，老子门下的道教兼并阐教和截教，合称道教。
道教与儒教、佛教也三教合一，天庭真正开始统治三界，昊天玉帝这个三教共主也比较有实权，可惜此时的地球三界已经进入末法时代，所以玉帝在地球留下的影响不怎么大。
而且，昊天轮回万世，在地球三界也只能当道门天庭的玉帝，再也当不了此时地球三界真正主宰儒教的昊天上帝了。
因为在东汉末年，那时的昊天上帝转世之后，华夏王朝由儒教继续祭祀昊天上帝。
于是上千年来，华夏亿万人的信仰和华夏历朝历代的官方祭祀信仰，再次在昊天元气海中缔造一个自然神昊天上帝。而不是从前的人格神。
由于儒家对紫微星的信仰，北极星被儒教视为帝星，更是人间天子的命星，而新的自然神昊天上帝被人间百姓和人间王朝普遍视为是天界的帝王。
既然是帝王，自然居住在帝星中，所以这个大约在隋朝时正式形成的自然神昊天上帝。
以北极（紫微）星为中心、为心脏、为大脑，形成了一个昊天上帝的神格意志。
此外昊天元气海广阔无垠，但也飘渺虚无、无所依托。要想形成强大而稳固的神格，不但需要信仰，还需要天体物质作依托。
而天上最显著的天体就是日月星辰。其中最重要的两个是太阳和太阴（月亮），这是每个文明都公认的，因为太阳和月亮对地球影响最大。
除此之外，不同文明中，最重要的星辰都不一样。古埃及是天狼星，华夏是北极星，回教是星月共尊。
上古神道兴盛，神灵能够掌控天上最重要的两大星体，太阳和月亮。
不过，月亮和太阳相比，虽然同为天上最亮的天体，但月亮因为要依靠太阳而发光，自身又只是一颗卫星，所以月亮一直作为太阳的附庸而存在。
所以，上古天地东皇太一还兼做太阳神，古埃及也将太阳神阿蒙视为至高神。
之后神道衰弱，各个文明的太阳神渐渐陨落。而昊天上帝虽为天帝，但也掌控不了太阳，所以只能降格，掌控紫微星。
而古埃及文明中，太阳神阿蒙陨落后，古埃及找了天上最亮、且周期与地球公转周期惊人地一致，与太阳有关联的天狼星的星神取代太阳神做至高神。
到了明朝，道门重建天庭时，两千多年前确立的天庭众神已经所剩无几。
除了南极长生大帝、承天效法后土大帝、东岳大帝、斗姆元君等几位大神，还有后来形成的真武大帝、关圣帝君等神灵外，当时确立的三百六十五位神灵几乎都陨落了。
许多当时的著名神仙也或者陨落或者转世。比如东皇太一在秦汉时转世并且修成东华帝君。后来，到了唐朝，东华帝君又转世变成吕洞宾，最后也修成神仙。
而赤脚大仙也转世成为八仙中的蓝采和。而当时所封的紫微大帝伯邑考实力低微，自然早已陨落。
早在北宋时，道教为了显示自己高于儒教，于是就想收编居于紫微星中的自然神昊天上帝为紫微大帝。凡人对紫微大帝的信仰也基本起源于此时。
当时，上古的昊天上帝还在转世轮回，道教为了自立门户，彻底与自汉以来为了应对佛教等外来宗教而合作近千年的儒教分家。
于是借助北宋气运，立赵玄朗为玉帝，可惜没有成功，自然，重新天庭的努力也失败了。
不过，对于玉帝和紫微大帝的信仰一直都在。后来，到了明代，道教有修成大罗金仙的张百忍、还有新晋大神真武大帝，以及张三丰这样战斗力很强悍的杰出神仙，才能够重立天庭。
所以，自明朝以后，封神之战时确立的昊天上帝成为道教的玉皇大帝。后来因为儒教祭祀而形成的自然神昊天上帝与道教的紫微大帝其实是同一个。
但由于道教的信仰，自然神昊天上帝渐渐分出一个分身成为紫微大帝。并且分身紫微大帝也逐渐有了人格意志，渐渐成为人格神。
这就是五代时自然神昊天上帝用紫微星力洗炼传国玺器灵，之前，昊天上帝又以紫微星力超拔赵佶灵魂的原因。
而这时的玉帝，居住在天上太微垣的天庭凌霄宝殿中。而昊天上帝和紫微大帝所在的紫微星在紫微垣。