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，朝廷曾经有过特别的文件指示，巴拿马地处交通要道，往来的人流非常复杂，容易造成传染病流行，因此只是巴拿马一定要严防死守，时刻关注疫情的动向。因此，巴拿马总督府对防疫格外重视。
看着地上的死老鼠，庞宪立刻联想到上面的文件。他感觉到心惊肉跳，难道真的噩梦要来了？当即便决定亲自带领一个防疫小组从环城街区开始巡回检查，因为那些从西班牙新格拉纳达总督区偷渡过来的印第安人都在这一带居住。
在这些街区垃圾很多，他的汽车沿着街区一条条笔直的尘土飞扬的街道往前行驶，车身紧挨着留在人行道上的垃圾桶。在他经过的一条街上，他数了数，竟然发现有三十二只死老鼠扔在残羹剩菜和脏布碎片当中，这让他非常震惊。
赶回医院，还没来得及喘口气，一名医生就匆匆来报告，有一名刚刚送来的病人症状很奇怪，请他马上过去看看。庞宪意识到了危险，立刻下令全体医护人员做好自身的防护。然后匆匆赶到诊疗室。病人正躺在床上。
这间病房临街，病人是位西班牙老人，满脸皱纹，神态严峻。庞宪进屋时，半坐在床上的他呼吸急促，如同哮喘病人往后一仰，想重新缓过气来。病人的妻子端来一个盆子。
“哎，大夫，”在庞宪替他检查时，病人说，“它们都出洞了，您看见了吗？”
“没错，”旁边他的女人说，“邻居捡了三只。”
老头搓搓手，喘息着说道：“它们出来了，所有的垃圾箱里都能看见。是饿的！”
后来，庞宪随便在哪里都能听到类似的话，整个医院里人人都在谈论老鼠。诊治病人结束后，庞宪心中有了谱，这绝对是鼠疫！虽然心情紧张，但他没有惊动病人。安慰了几句后，然后离开了病房。
刚走出病房，他立刻命令自己的秘书通知所有的医生到他的办公室召开紧急会议，同时他疾步朝着自己的办公室走去，他必须立刻通知总督府衙门，立刻布置全程防疫工作，噩梦已经降临了！
刚进办公室，还没来得及打电话，秘书就匆匆赶来，他手里拿着一封电报：“上面有您一份电报。”
电报是玛岛港务局发来的，报告的内容正是港务局局长向他报告：这两天，港务局有很多工作人员出现剧烈的疼痛性红色丘疹，皮肤上会出现血性水疱。有些患者会出现高热的症状，同时伴有淋巴结肿大、剧烈疼痛、咳嗽、胸痛、咳痰带血等症状。港务局长在电报中请求医疗支援。
看完电报，庞宪已经是汗如雨下，他已经敢肯定，噩梦真的来了！繁华无比的巴拿马将经历一场劫难……
巴拿马总督朱翊淦接到报告后，第一时间命令庞宪成立了防疫机构开始工作。巴拿马防疫机构叫巴拿马总督防疫会，于翌日1571年5月17日成立，下设防疫卫生队、调查团、检疫所、传染病院、隔离病院、掩埋队等办事机构，人员九十三人。
科隆是巴拿马第一个成立防疫机构的县城，因为玛岛港是这次鼠疫暴发的中心地区，而玛岛港当时属于科隆县。科隆的防疫机构有县防疫总局、玛岛防疫局和海岸警卫队防疫局。整个巴拿马防疫机构六百多处，人员三千六百九十三人；巴拿马防疫总局是巴拿马防疫总机关，另外还有巴拿马城防疫事务所，专管本城防疫。
在成立防疫机构的前提下，总督府还采取了一系列措施，所有的驻军部队被动员起来，参与防疫工作。预防和制止鼠疫的继续蔓延，譬如关闭巴拿马运河，隔断交通、隔离病人及疑似病人、对各疫区严格消毒、同时改革印第安人不良饮食卫生习惯等等。
巴拿马总督府下辖五十多个县镇专门设立了临时医院和隔离场所，内设病房，设备齐全，凡患鼠疫者和疑似患者皆可送入治疗、隔离，以免传染他人。同时在巴拿马辖区实行火葬制度。
然而，在此后的几天里，形势变得愈发的严峻了。死老鼠数目与日俱增，每天防疫处清晨收集的也越来越多。自第四天起，老鼠开始成群结队跑出来死在外面。它们从破旧的小屋，从地下室、地窖、阴沟里跌跌撞撞地鱼贯爬到地面上，在亮处摇摇晃晃，原地打转，最后死在人们的脚边。
夜里，无论在走廊上或小巷里，都能清楚听见它们垂死挣扎时的轻声惨叫。在近郊区，每天早上都有人看见它们躺在下水道里，尖嘴上挂一小块血迹。有的已全身肿胀，发出腐臭味；有的已经僵硬，胡须还往上翘着。
在总督府各衙门也能碰上小堆小堆的死耗子摆在楼道上或院子里。也有些老鼠孤零零地死在各级行政部门的大厅里、学校的操场上，有时也死在咖啡馆的露天座位之间。防疫队在城里最繁华的地段也发现了死老鼠，这真让他们大惊失色。阅兵场、林荫大道、滨海大道都一一受到污染，而且污染扩散得越来越远。
凌晨刚把死老鼠打扫干净焚化，空气中还充斥着烧焦的臭气。但到大白天全市又会逐渐看到越来越多的死老鼠。不止一个人夜间在人行道上行走时，感到脚下踏了一只软软的刚死不久的小动物尸体。仿佛承载城中房屋的大地正在清洗使它感到重负的体液，让一直在它身体内部折磨它的疮疖和脓血升到表面来。
更多的坏消息接踵而至。西班牙的新格拉纳达总督区波哥大也传来了坏消息，厄瓜多尔，委内瑞拉等地区都爆发了鼠疫，几天后，整个南美，包括中美洲欧洲和亚洲各个国家的殖民地都爆发了可怕的鼠疫，死亡的人数根本无法统计。很多人走着走着就倒在了路上。
大明的巴拿马总督区情况虽然好些，但同样每天都有人死去，各种小道消息和谣言在城中蔓延，整个巴拿马城陷入了恐慌之中，一不小心很可能引起全城骚动。面对如此恶劣的情况。总督朱翊淦不得不下令全城戒严。
随即，这条命令传达到巴拿马总督府辖区各地。一瞬间，整个巴拿马峡地成为了一片死地。能够在城市间活动的只剩下了军警和防疫的工作人员，所有的生产生活陷入停顿。与此同时，接到消息的大明本土也史无前例的派出两百多艘舰船带着大量的物资和医疗工作人员奔赴南美洲救灾。
……
这段日子，庞宪忙坏了。午餐过后，他又看了看各地上报来的情况汇总。这时，电话铃响了。是他一个老病人打来的，这病人是市政府的职员，患腰椎间盘突出已经很长时间了。因为他是正五品以上的高官，庞宪一直亲自为他治病。
“庞太医，是我，”他说，“您还记得我吧。不过，这次麻烦大了！您快点来一下。我邻居家出了点事，他说话气喘吁吁，我很担心他已经染上了鼠疫……”听到电话里的声音，庞宪立刻紧张起来，如果他的邻居得了鼠疫，那整个公务员小区也不安全，自己的妻子和孩子都在这里，城中已经没有安全的地方，他决定亲自赶过去。
刚刚赶到小区，那个五品他正好下楼来迎接大夫。此人大约五十来岁，有些发白的长胡子，高个儿，有点驼背，窄肩膀，胳臂腿都很细。“他现在好些了，”他来到庞宪身边，冲着穿着防护服的医务人员说，“他刚才打算自杀，我原以为他完蛋了呢。”他擤擤鼻涕。
庞宪在楼道内的左边门上看见用毛笔写的字：“请别进来，我染病了，上吊了。不想传染给你们。”防疫队的工作人员走进去。绳子从吊灯那里垂下来，放在下面的椅子已经翻倒，桌子被推到了屋角。绳子是垂在半空中的。
那位官员说：“他曾是我的同班同学，我刚才来看他，发现情况不对，是我及时把他解了下来。”他说的话很慢也有些喘，仿佛一直在字斟句酌，“我一看见门上的字，怎么跟您说呢？我还以为是在开玩笑。但他哼了一声，声音怪怪的，甚至可以说是恐怖的。”
工作人员推开卧室的房门，站在一间明亮而陈设十分豪华的房间门口。一个矮胖的男人躺在一张很大的床上。他大声呼吸着，用充血的眼睛注视着他们。庞宪不由自主停下脚步，他心中一片悲哀。不用看，这人真的是染病了。
在卧床的人呼吸的间歇里，他仿佛听到了老鼠在叫，但房屋角落里并没有什么动静。庞宪稳定了一下自己的心神，让所有人止步，他独自朝床边走过去，作为医者，他别无选择……