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胜州、者乐甸长官司、大理府、蒙化府、鹤庆军民府、丽江军民府、金齿军民指挥使司、腾冲军民指挥使司。云南外夷衙门府、州、司:木邦军民宣慰使司、缅甸军民宣慰使司、孟养军民宣慰使司、车里军民宣慰使司、八百大甸军民宣慰使司、老挝军民宣慰使司、孟定府、孟艮府、干崖宣抚司、南甸宣抚司、陇川宣抚司、镇康州、湾甸州、大侯州、威远州、芒市御夷长官司、钮兀御夷长官司。
由于明代云南全省均处于西南边疆前沿，则上述将“外夷”同“直隶”对举的政区记载方式，体现出西南边疆政区体制具有“内”与“外”的分野。
《景泰云南图经志书》所录“直隶云南布政司”的政区为十二府、七军民府、三军民指挥使司、一州、二长官司，属于“外夷衙门”的政区有六军民宣慰司、二御夷府、三宣抚司、四御夷州、二御夷长官司。这说明府、州、司等行政区划形式在“直隶”与“外夷”两种分野中共同存在，因此政区形式不是分野的基础。然从地理分布格局来看，两套政区分野最明显的是边疆地理态势:所谓“直隶府、州、司”均为云南靠内地区，而“外夷衙门府、州、司”都位于云南“直隶府、州、司”的外围及边疆地区，由此形成直隶府、州、司为云南的“腹里”和外夷衙门府、州、司的“外边政区”格局。
明朝就已经开始酝酿取消土司制度，改为在少数民族地区设立府、厅、州、县等机构，派遣有一定任期的流官进行直接管理，这种方法被称为“改土归流”。早期的改革是缓和的。如遇到土官绝嗣、土宫之间互相仇杀或叛乱被平定、土官犯罪革职等.当地的土司制度即被废除，改由流官接任。
在土官与封建王朝的矛盾日益尖锐的情况下产生的这个矛盾，在唐、宋以来就长期存在。随着社会生产力的不断发展，土官制度越来越不适应社会的需要。广大人民不断的反抗斗争又动摇了土官制度的统治。与此同时，土官又日益与封建王朝闹对立，反对封建王朝对它的管辖。这种有损于封建王朝国家统一的行为，明王朝自然是不能容忍的。于是“改土归流”是势在必行的了。
万历十一年明朝云南巡抚刘世曾擢拔刘铤为腾越游击，邓子龙为永昌参将，各提兵五千赴剿，并征调诸土司兵丁应援。于姚关大破莽应里，缅兵败遁。刘铤与邓子龙乘胜追击，率兵出陇川、孟密，直抵阿瓦。缅将孟勺降。陇川、蛮莫、孟养的入侵缅兵纷纷遁逃。刘铤回师陇川擒岳凤父子，献捷于朝。
一年多的边境骚乱至此平定。原来的缅酋莽应里协从的西南诸土司悉来归附。蛮莫头目思顺，初与岳凤相表里，投附莽应里。当刘铤率兵驰入陇川，岳凤诣军门降，思顺缚缅人及象马来献。刘铤以副总兵署临元参将，“移镇蛮莫”，“勒兵金沙江，筑台于王骥故址，威名甚盛。”“建大将行署于蛮莫。”
这就是闻名于世的威远营，其地在今缅甸八莫。万历十二年(公元1584年)二月二十一日，刘铤招集孟养、木邦、孟密、陇川诸土司筑擅盟誓：“六慰拓开，三宣恢复，诸夷恪心，永远贡赋，洗甲金沙，藏刀思窟，不纵不擒，南人自服。”
万历十三年增设蛮莫安抚司，以蛮莫土官思顺任安抚使。刘铤记这次战役的胜利说：“万历癸末年十一月二十六日，横槊誓师，分哨并进，披历险隘，直抵贼巢，元恶既已倒戈就擒，协从悉皆府首受缚。……虎穴笑谈，平功不战，狼烟呼吸，定绩底咸宁，据金沙，城蛮哈；言有大而非挎；通宝井，跨南滇，信无行而不利。土地地充拓者，远近不下数千里，掳掠夺回者，旄倪概计亿万人。……兵甫及二月，犁扫为之一空。”
刘铤、邓子龙征缅，大败莽应里，“纠合诸夷，歃血威远营，”取得决定性胜利，但是莽应里势力并未彻底剿灭。刘铤清醒地认识到“疆宇虽已廓清，莽酋酋然肆大，若不亟加剿灭，终为祸根蔓延”。应乘胜进讨，“俟荡平之后，另图改土设流，平定之余，更宜筑关建堡，设大将旗鼓，以控制要冲，立诸司衙门而相为犄角。随行屯田之策以足食，而财可使富，保障坚于来形；又练土著之丁以足兵，而力可使强，边境几无患。……滇南之安，永保万世无虞矣。
但是，刘铤的筹谋笄却不为当局所重视，不仅没有给予支持，反而万历十五年(公元1587年)将刘铤调离。刘铤镇蛮莫约二年，抚绥边境诸土司，尚来不及剿灭洞吾莽应里，彻底平息叛乱，便抱憾离去，许磁《赠云抚凤坪公西征缅甸序》说：“……一战而取罕虔，再战而获岳凤，三战而诛莽应里，四战而缅甸之老莺尽退兵矣。”
官兵对刘铤征缅满怀期望，不料刘铤尚未三战、四战便解职而去。
清康雍乾盛世时期，国力强盛，中央政府已经有足够的力量加强对少数民族地区的统治。雍正四年，鄂尔泰大力推行改土归流政策，即由中央政府选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区的政务，“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。”“制苗之法，固应恩威并用。”广顺长寨土司向官兵挑衅，竟遭到清军毁灭性的打击，设长寨厅。
中国清代雍正年间在西南一些少数民族地区废除土司制，实行流官制的政治改革。为了解决土司割据的积弊，雍正四年，云贵总督鄂尔泰建议取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理。雍正帝对此甚为赞赏，令其悉心办理。六年，又命贵州按察使张广泗在黔东南推行改土归流政策。在设立府县的同时，添设军事机构。清政府在改土归流地区清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池，设学校；同时废除原来土司的赋役制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地，云南、贵州改土归流的目标，到雍正九年基本实现。改土归流废除了土司制度，减少了叛乱因素，加强了政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展。