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当别部司马，但主要工作是帮自己出谋划策，成为曹操的首席智囊。
荀彧的离开没有引起袁绍太大的反响，袁绍不仅没有追到这里要人，也没有为难还留在冀州的哥哥荀谌，想必袁绍手下人才实在太多，多一个少一个这样的人不会引起他的关注。或者，在袁绍看来连曹操都是他的人，荀彧在哪里干都一样，在曹操这里干事也是为他效力吧。
荀彧来到曹操身边以后，曹操一改败运，连打胜仗，在东郡一带彻底站住了脚。而就在此时，青州刺史部的黄巾军余部向兖州方向移动，总人数达到百余万人，他们首先进入兖州的任城国，任城国相郑遂被杀。消息传来，兖州刺史刘岱决定出兵迎击，结果竟然也被杀了。
刘岱死后兖州刺史部的8个郡国处于群龙无首的状态，面对来势汹汹的黄巾军，当务之急是推出一个有实力、有能力的领头人带领大家打退黄巾军，保护地方安全，这是兖州本地官民们共同的愿望。在兖州地方人士陈宫、万潜以及曹操的老朋友鲍信等人建议和推动下，大家一商量，认为在最近跟黄巾军、黑山军交战中，曹操的战绩最好，应该请他来主持大局，以保证兖州平安。
陈宫亲自到东郡的东武阳拜见曹操，就这样曹操就任了兖州牧。
曹操继续整顿兵马，收编了不少刘岱的旧部，实力明显增强。黑山军退回到太行山不再出来，对青州黄巾军来说，袁绍、公孙瓒在他们后面也都加紧了进攻，目的很明确，就是要把他们从自己的地盘上赶走。青州黄巾军只能前进，没有退路，再次进入兖州刺史部境内。
青州黄巾军拿出拼死的劲头，往日一打就跑的情况不见了，与曹军展开了殊死拼杀，战斗异常激烈和残酷。有一次，曹操率领1000多人在战场间巡视，突然遭遇青州黄巾军主力的攻击，手下一下子死伤近半，不得不撤退。为鼓舞士气，曹操亲自披甲持胄，亲临一线，严明军纪，明确赏罚，士气才稍稍提高。
这场战役中最惊险的一幕发生在寿张之战中。寿张属兖州刺史部的东平国，今山东省东平县一带，当时其附近有个新大的湖泊叫东平湖，这里是山东、河南两省交界处，是山东省通往中原腹地的重要通道之一。当时青州黄巾军气势很盛，曹操于是决定在寿张地区设下伏兵。
担任伏击的部队还没有完全集结到位，鲍信陪同曹操去察看地形，这时与敌人仓促而遇。敌兵人多，曹操、鲍信率领部下与敌人交战，为掩护曹操撤退，鲍信拼死力战，最后竟然战死了，时年41岁。鲍信的战死是曹操的一大损失，曹操极度伤心。鲍信死后连尸首都没有找着，曹操下令悬赏寻找，仍然没有找到，只能让人用木头刻了一个鲍信的雕像来祭拜。
此战中山阳郡巨野县人李乾给了曹操很大支持，李乾在乘氏县一带聚合了好几千人，他率众投奔了曹操，在寿张之战中立下功劳。曹军日后有个名将叫李典，是李乾的侄子。
曹操这边打得很苦，对手其实更艰难。青州黄巾军打不过曹操，想出了“劝降”的一招，他们给曹操写了一封信，在信中他们先套近乎，说曹操的政治主张与他们的太平道教义其实是一致的，然后劝曹操顺应天道，不要与青州黄巾军为敌。曹操不理，昼夜不停地发起攻击，并不断取得胜利，青州黄巾军开始撤退。
青州黄巾军向济北国方向败走，曹操指挥人马追击，青州黄巾军没有退路，只好请求投降。曹操接受了他们的投降，就地整编，组建了一支新的队伍，从此“曹家军”里便有了一个专用名字，叫作青州兵。负责指挥他们的是鲍信的老部下于禁，他字文则，兖州刺史部泰山郡人，很早就跟随鲍信，鲍信死后曹操把他的旧部交给于禁指挥，现在又指挥了青州兵。
此战奠定了曹操在兖州的地位，曹操在鄄城有了自己的大本营，他想到的第一件事，就是赶紧把夫人和孩子接了过来。曹操的夫人卞氏以及长子曹丕、次子曹彰当时都在冀州，那里是袁绍的地盘，这大概是让曹操最为放心不下的事。
卞氏到鄄城后，很快又给曹操生下了第三个儿子，这就是曹植。此时曹丕六岁，曹彰三岁，曹丕日后在回忆文章中写道，他五六岁的时候，父亲曾亲自教他射箭，使他从小就养成好弓马的习惯，说的正是在鄄城的这段生活。