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负责这一运动的耕者有其田衙门主官杨涟的功绩让朱由校赞不绝口。他将工部的屯部和水部从工部中分离，组成新的农部，负责天下农业水利之事。而杨涟被任命为农部尚书，以原工部郎中陈所闻为农部左侍郎，管理农政农事，以原工部郎中左光斗为农部右侍郎，管理天下水利之事。
六部突然变成七部，自然让很多人都颇有微词。在此事未成之前，朱由校已经将消息透露给了阁臣和六部，结果通政司收到大量奏折，要求皇帝守祖宗之故例，不可随意修改原有各部。
在大朝会上，朱由校说道：“三省六部，古已有之，如今六部尚在，三省呢？唐时还有政事堂呢，现在有吗？内阁以前也没有吧，现在呢？朕登极诏中说道，朕要除旧布新，革故鼎新，现在不过改一小小工部，就开始要朕守旧制了，按你们的意思，那就是什么都不能动了，那还除个什么旧，布的什么新？”
除旧布新，革故鼎新几乎是每个皇帝的登极诏中都会有的一句话。只是一直以来都是皇帝说说而已，大臣听听罢了，现在朱由校要来真的了，大家就觉得如果如此，那就会国将不国。这让朱由校极其恼火。
好在阁臣都支持皇帝的举措，其实大家都觉得六部每一部管辖范围过大，尚书职权太过，而且容易出现部内扯皮现象，将六部分拆，有利于突出阁臣位置。所以阁臣与皇帝一拍即合，都同意分拆工部。
杨涟一跃而为尚书，左光斗也成为右侍郎，让很多东林人喜不自胜，觉得皇帝还是离不开东林人。然而杨涟却在此时宣布，以后各位臣僚拜访，只要不以同道自居，涟欢迎之至，但如果以党派同道相访，则敬谢不敏。
这话的意思是明显了，东林人如果想以同道之名而来联络感情，那还是免了罢。这其实是退出东林党的意思，这让东林党人很是无奈，便有人讽刺杨涟忘恩负义。
这让杨涟更加不屑，于周报上登了一则声明：东林乃大家交流学术之所，并非是朋党相助之地。若王洽这样的无君无父之徒，涟实羞于曾经与其为伍。杨涟之官职，乃自己习经书，过科举，办实事，圣君明见万里，乃赐之以为国尽力也，不知涟忘本在何处？从今以后，以党派之名，以同志之称者，皆杨涟之所恶，大家都相忘于江湖最佳。
这则声明报社是收了他钱的，只是没有广告那么贵。王承恩发现了一个新的利润增长点，特意在周报上做广告：本报承接刊登声明，价格若干，规矩如何。一时有人登声明征友，有人登声明割席断义，大家玩得不亦乐乎。
陈所闻为万历四十七年进士，资历本来远弱于左光斗。但他对农学很有兴趣，自己十六岁的儿子就在研究院农事科。他在工部原来是负责屯部这一块的，农部重点显然要放在农事上，而水利方面朱由校有意以后独立出来，成为一个专门的水利部。所以朱由校将他升为农部左侍郎，而擅长水利的左光斗只好屈居右侍郎。
可是左光斗不这么想，他觉得自己资历高，而任工部郎中后做事也认真负责，最后却在陈所闻以下（品阶一样，左高于右），便以为是为东林出身所累。他一咬牙，便欲效杨涟登出声明，反出东林。结果被他弟弟左光明劝住了。
左光明道：“杨涟因李三才之事和东林人生分，特别是与王洽两兄弟一直不和，早有反出东林之意，此时刊登声明，顺理成章。而三哥此前一直与东林人牵扯不清，便是与杨涟也有过不同意见。此时效杨涟而行，则天下人会以为三哥是想阿谀皇上，只怕会得不偿失。不如平日里与东林断绝，不再与他们掺合，慢慢地就淡了断了，皇上自然也会看在眼里。”
左光斗对他作一揖道：“多谢八弟提醒，为兄太过于在意，反而没有八弟看得分明。”
左光明回了一礼道：“三哥，我们农事科实习期尽，愚弟在三哥这里学到了很多东西，我们来的时候教授说过，实习后如果要行水利之事，便要一人负责一条江河的治理，到时弟便是三哥麾下之将了，到时还要多多指教，有错便要指出，不要顾及愚弟的面皮。”
左光斗笑道：“这个放心，有功不会埋没你的，有错也不会给你遮掩，对了，陈左侍郎的公子也在你们农事科，和你不是一级的吗？他好象没有在实习之列呀。”
左光明道：“陈公子年纪尚小，教授不放心他到地方来实习，而是让他和几个年纪小的同窗去整理徐教授，哦，就是徐阁部的农书，说这本书非常重要，是以后农部的指导性书籍。”
左光斗道：“徐阁部在万历三十五年丁忧时，便开始试着种各种作物，而万历四十一年时，又在天津垦殖五年，写了许多与农事有关的文章，他认为以前的农书语焉不详，早就想要写一部包罗所有的农书，只是自皇上登基后，便一直受重用，辗转于户部吏部及内阁，自然是没有足够的时间来写书了。如今既然有农事科的学生帮助，只怕很快就能成书，到时为兄就可以拜读大作了。”
左光明道：“徐阁部一直受皇上重用，现在还是阁臣兼任天官，如此重职，有明一朝实在罕见。听说是因为在陛下潜邸时便与其熟识，所以才会有如此际遇。”
左光斗看了他一眼道：“光明，当今皇上不是一位以亲近与否来决定重用程度的皇帝。兄弟这两年寻思，陛下有一喜一恶，喜者，擅长于做事，做实事的人，恶者，空谈而又拉帮结派也。为兄以前便是争国本，争三案，且以东林为重，便是犯了皇上大忌，所以便被赶出朝堂。然为兄又精于水利，做得实事，便被皇上委以北方水利之事。”